Cải cách lại cơ cấu tổ chức của Chính phủ là một trong chín mục tiêu cụ thể của công cuộc cải cách hành chính. Điều này chứng tỏ cơ cấu tổ chức có vai trò rất quan trọng trong hoạt động của bộ máy nhà nước, có khả năng chi phối và ảnh hưởng đến hoạt động của bộ máy đó, và sự thay đổi của cơ cấu tổ chức cũng có tác động đến bộ máy đó.

Định nghĩa về cơ cấu tổ chức. Cơ cấu tổ chức là các bộ phận cấu thành của tổ chức. Thông qua cơ cấu đó, phản ánh chức năng, nhiệm vụ, trách nhiệm và thẩm quyền của tổ chức. Một định nghĩa khác về cơ cấu tổ chức. Đó là sự phản ánh các hình thức sắp xếp các bộ phận, các cá nhân trong một tổ chức nhất định. Thông qua đó, mỗi bộ phận, mỗi cá nhân biết làm việc gì, ai là người lãnh đạo, quản lý, điều hành, chỉ huy trực tiếp, cần báo cáo xin ý kiến, chỉ thị của ai.

Người ta còn định nghĩa cơ cấu tổ chức là việc tập hợp tất cả những việc cần làm trong một tổ chức và sự phân chia chúng thành các công việc cụ thể theo từng nhóm nhất định.

Như vậy, nói đến cơ cấu tổ chức là nói đến các chức danh cho các bộ phận, phòng ban, vị trí công việc; nói đến các quy định về chi tiêu ngân sách - là vai trò, trách nhiệm, quyền hạn về tài chính của các vị trí trong tổ chức; là nói đến việc cụ thể hóa công việc trong tổ chức bằng các bản mô tả và phân tích công việc; là nói đến việc đặt chức danh cho các vị trí công việc riêng biệt và sự mô tả chi tiết các mối quan hệ qua lại giữa từng bộ phận và từng chức danh, đảm bảo tổ chức vận hành thông suốt.

Ví dụ như trong một tổ chức Sở, thì cơ cấu tổ chức chính là các chức danh cho các bộ phận phòng ban, như phòng hành chính - tổng hợp, phòng nghiệp vụ, phòng kế hoạch - tài chính hay bộ phận thanh tra.

Có nhiều nhân tố tác động đến cơ cấu tổ chức một cách trực tiếp và gián tiếp. Trong đó, quan trọng hàng đầu là mục tiêu của tổ chức.

Không một tổ chức nào có thể duy trì hoạt động nếu lãnh đạo không đề ra các mục tiêu cho tổ chức hướng đến. Khi đặt ra mục tiêu cho tổ chức, chúng ta cần lưu ý những điểm sau:

- Mục tiêu đó nên thực tế và khả thi.
- Người lãnh đạo tổ chức nên đề ra những mục tiêu có khả năng cải thiện mọi mặt của tổ chức,
- Nhà lãnh đạo nên đặt ra loại mục tiêu để mọi thành viên trong tổ chức đều có thể tham gia vào quá trình thực hiện mục tiêu đó.
- Từ mục tiêu được đề ra, nhà lãnh đạo có thể tạo ra được một chương trình phát triển nhằm đạt được mỗi mục tiêu.

Mục tiêu được đặt ra có thể là mục tiêu ngắn hạn hoặc dài hạn, có thể là mục tiêu trước mắt hoặc lâu dài, có thể là mục tiêu định tính hoặc định lượng. Dù là mục tiêu gì, thì việc đặt ra mục tiêu cũng là đặt ra thêm khó khăn cho cả tổ chức. Tuy nhiên, nó cũng làm tăng thêm thử thách cho cả tổ chức và mọi thành viên trong tổ chức đó. Đồng thời, quá trình thực hiện mục tiêu cũng tạo cho các cá nhân trong tổ chức thể hiện năng lực, trình độ của mình, thể hiện sự nỗ lực của mình để đạt được mục tiêu.

Nhân tố thứ hai tác động đến cơ cấu tổ chức là chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền, trách nhiệm của tổ chức. Chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền, trách nhiệm của một tổ chức đơn giản hay phức tạp sẽ quy định cơ cấu của tổ chức đó. Với chức năng, nhiệm vụ đơn giản, thì một tổ chức chỉ cần số lượng nhân sự vừa phải, và mức kinh phí cho tổ chức đó cũng không nhiều như những tổ chức khác, đồng thời mối quan hệ công việc giữa các bộ phận, cá nhân trong tổ chức cũng đơn giản hơn. Ngược lại, Đứng ở góc độ này, chúng ta thấy rằng yếu tố con người ở đây đóng một vai trò khá quan trọng. Chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền, trách nhiệm của một tổ chức đều được thực hiện thông qua con người.

Hơn nữa, trong cơ cấu tổ chức và tái cơ cấu tổ chức, thì việc sắp xếp lại nhân sự cho phù hợp với các vị trí, chức danh trong tổ chức cũng rất quan trọng. Do đó, khi tính đến các nhân tố tác động đến cơ cấu tổ chức, chúng ta không thể bỏ qua nguồn nhân lực. Muốn có một cơ cấu tổ chức hoàn chỉnh, cần có đầy đủ nguồn nhân lực để bổ nhiệm vào các vị trí cần thiết trong một tổ chức.

Nhân tố thứ ba tác động đến cơ cấu tổ chức. Đó là quy mô tổ chức. Quy mô của một tổ chức ở đây được hiểu là số nhân sự trong tổ chức đó, diện tích của tổ chức đó. Với một quy mô lớn, đông đúc nhân sự thì cơ cấu của tổ chức đó phải được tính toán khéo léo, đảm bảo các vị trí trong tổ chức phù hợp, khoa học. Hơn nữa, quy mô càng lớn càng cần nhiều công chức, do đó tổ chức sẽ có nhu cầu rất lớn về nguồn vốn, tài chính.

Nhân tố thứ tư tác động đến cơ cấu tổ chức là trình độ trang thiết bị, hệ thống thông tin và việc áp dụng công nghệ hiện đại. Xã hội ngày càng phát triển, khoa học ngày càng phát triển. Quá trình lao động của con người cần có sự giúp đỡ của máy móc, của khoa học kỹ thuật nhằm nâng cao năng suất, hiệu quả của hoạt động. Việc áp dụng khoa học kỹ thuật, máy móc trang thiết bị hiện đại vào cơ cấu tổ chức, giúp tăng cường hiệu quả cuả hoạt động, nâng cao chất lượng của công việc và đẩy nhanh quá trình đạt được mục tiêu.

Cơ cấu tổ chức được định nghĩa như một bộ phận của tổ chức. Qua sự phân tích trên đã thể hiện được vai trò quan trọng của cơ cấu tổ chức. Nó đảm bảo cho tổ chức vận hành thông suốt, khoa học và có hiệu quả. Do đó, việc cơ cấu và tái cơ cấu tổ chức đặc biệt quan trọng đối với các nhà lãnh đạo. Trong quá trình thực hiện cơ cấu tổ chức, họ cần phải tính đến mọi nhân tố, mọi khả năng có thể ảnh hưởng đến tổ chức để từ đó đưa ra những giải pháp thích hợp, nhằm mục đích cuối cùng là đạt được mục tiêu chung của tổ chức.